HPV病毒感染后，目前并没有直接杀灭HPV的特效药物。但人体免疫系统有一定概率自行清除HPV病毒，据统计，约80%的女性一生中会感染一次HPV，但其中大部分人在1-2年内可依靠自身免疫力清除病毒，只有少部分会持续感染进而发展为病变。
自身免疫清除为主
人体的免疫系统是对抗HPV病毒的重要力量。一般来说，年轻、身体状况较好的人，自身免疫系统清除HPV病毒的能力相对较强。比如，18-30岁的健康人群，在感染低危型HPV后，超过90%可在2年内通过自身免疫清除病毒。而对于高危型HPV感染，也有一定比例的人群能依靠自身免疫力将病毒清除，但所需时间可能相对长一些，大约6-12个月。
针对相关病变的治疗
低危型HPV引起的病变
尖锐湿疣：如果低危型HPV导致了尖锐湿疣，可通过物理治疗去除疣体。例如激光治疗，能快速破坏疣体组织，一般一次激光治疗费用大概在几百元到上千元不等，具体费用因地区和医院有所差异。还可以采用冷冻治疗，利用低温使疣体坏死脱落，冷冻一次的费用相对激光会低一些，大概几十元到几百元。
高危型HPV引起的病变
宫颈上皮内瘤变：当高危型HPV持续感染引发宫颈上皮内瘤变时，若为低级别病变，部分也可通过自身免疫清除，但需要定期复查，一般建议每3-6个月进行一次宫颈TCT（薄层液基细胞学检测）和HPV检测。如果是高级别病变，可能需要进行手术治疗，如宫颈锥切术，手术费用根据不同的医院等级和手术方式有所不同，一般在几千元左右。
辅助治疗方法
保持良好生活习惯：保持充足的睡眠，每天尽量保证7-8小时的高质量睡眠，有助于增强免疫力。同时，要均衡饮食，多摄入富含维生素C、维生素E、蛋白质等营养物质的食物，像新鲜的蔬菜水果（橙子、菠菜等）、瘦肉、鱼类等，为身体提供营养支持，辅助免疫系统对抗HPV病毒。避免不良生活方式：要戒烟限酒，吸烟会损害免疫系统功能，不利于HPV病毒的清除，而过量饮酒也会对身体的免疫调节产生不良影响。还要避免不洁性行为，因为不洁性行为是HPV感染的重要传播途径，避免再次感染新的HPV亚型，加重病情。