奥美拉唑是常用的抑制胃酸分泌药物，但也有一些副作用。一般来说，长期使用奥美拉唑可能会有一些影响。
消化系统方面的副作用
胃肠道不适：部分人服用奥美拉唑后可能出现恶心、呕吐、腹胀等症状。比如有研究发现，约有2% - 3%的人会出现轻度的恶心症状。腹泻或便秘：少数人会出现腹泻情况，也有个别人会发生便秘，这主要是因为奥美拉唑影响了胃肠道的正常蠕动和消化功能。
神经系统方面的副作用
头痛：大约有1% - 5%的人在服用奥美拉唑后会出现头痛症状，一般程度较轻，但也有少数人头痛较为明显。头晕：部分人可能会感觉头晕，这可能与药物对神经系统的轻微影响有关，但通常不会很严重。
代谢与营养方面的副作用
维生素B12缺乏：长期使用奥美拉唑（一般指使用1年以上）可能会影响维生素B12的吸收，不过这种情况相对较少见，但如果长期服用需要关注。有研究表明，长期使用奥美拉唑的患者中，约有0.5% - 1%可能会出现维生素B12水平降低的情况。钙吸收受影响：有研究发现，长期使用质子泵抑制剂（包括奥美拉唑）可能会对钙的吸收产生一定影响，不过一般程度较轻，对于正常人群来说，通常不会造成严重的钙缺乏问题，但对于本身有骨质疏松风险的人群需要留意。
其他方面的副作用
过敏反应：虽然比较罕见，但个别人可能对奥美拉唑过敏，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等过敏症状。肝酶升高：少数人服用奥美拉唑后可能会出现肝酶轻度升高的情况，但一般停药后可恢复正常。