加特纳菌阴道炎主要通过药物治疗。一般来说，可选用抗厌氧菌药物进行治疗。
药物治疗选择
甲硝唑： 是常用的治疗药物之一，它能抑制加特纳菌的生长繁殖。可以口服，也可以局部用药。口服的话一般有一定的疗程，通常需要连续服用几天。局部用药可以选择甲硝唑阴道泡腾片等，直接作用于阴道部位，对局部的加特纳菌发挥作用。克林霉素： 也是有效的药物。同样有口服和局部用药两种方式。口服克林霉素能通过血液循环到达阴道部位发挥杀菌作用；局部使用克林霉素凝胶等，直接针对阴道内的加特纳菌进行治疗。
治疗中的注意事项
性伴侣治疗： 加特纳菌阴道炎可能会通过性接触传播，所以性伴侣也需要同时进行检查和治疗。如果性伴侣不进行治疗，即使患者自身治疗好了，也容易再次被感染。治疗期间注意事项： 在治疗加特纳菌阴道炎期间，要避免性生活。同时，要保持外阴的清洁卫生，每天用温水清洗外阴，但不要过度冲洗阴道，以免破坏阴道的正常菌群平衡。还要注意更换内裤，内裤最好用开水烫洗后在阳光下暴晒，起到消毒的作用。
特殊人群的治疗考量
孕妇患者： 孕妇患加特纳菌阴道炎需要特别谨慎用药。因为一些药物可能会对胎儿产生影响。一般会选择相对安全的药物，如局部使用甲硝唑，但使用前需要在医生的严格评估下进行。医生会权衡治疗的必要性和对胎儿可能产生的风险，选择最适合孕妇的治疗方案。哺乳期患者： 哺乳期女性患加特纳菌阴道炎用药时，也要考虑药物对乳汁的影响。有些药物可能会通过乳汁传递给婴儿，所以会优先选择局部用药的方式，尽量减少药物通过乳汁对婴儿的影响，并且需要在医生的指导下进行用药选择和治疗。