卵巢囊肿的形成原因较为复杂，可能与多种因素相关。一般来说，卵巢囊肿的形成涉及内分泌失调、炎症刺激以及子宫内膜异位等多方面因素。
内分泌失调相关
激素水平失衡： 女性体内的雌激素和孕激素等激素水平失衡可能引发卵巢囊肿。例如，长期处于高雌激素状态，可能刺激卵巢组织异常增生，从而形成囊肿。青春期女性在性激素开始活跃分泌时，就有可能因激素调节不稳定出现这种情况。促黄体生成素异常： 促黄体生成素的分泌异常也和卵巢囊肿形成有关。当促黄体生成素水平出现紊乱时，会干扰卵巢的正常排卵和组织代谢，增加卵巢囊肿的发生几率。一些患有多囊卵巢综合征的女性，就常伴有促黄体生成素分泌异常，进而容易长出卵巢囊肿。
炎症刺激所致
盆腔炎症影响： 盆腔的炎症，像输卵管炎、盆腔炎等，如果没有得到及时有效的治疗，炎症可能蔓延波及卵巢，长期的炎症刺激会使卵巢组织发生病变，逐渐形成囊肿。比如女性在产后或流产后，身体抵抗力下降，若发生感染引发盆腔炎症，就增加了卵巢囊肿的发病风险。卵巢自身炎症： 卵巢自身发生炎症时，也可能促使囊肿形成。例如卵巢受到细菌、病毒等病原体感染引发炎症，炎症持续存在会导致卵巢组织充血、水肿，进而形成囊肿。
子宫内膜异位引发
异位内膜种植： 子宫内膜组织出现在卵巢部位时，就可能形成卵巢子宫内膜异位囊肿。子宫内膜本来应该在子宫腔内生长，但是由于某些原因，比如经血逆流等情况，子宫内膜组织种植到了卵巢上，并且像正常子宫内膜一样周期性出血，久而久之就形成了囊肿。这种囊肿里面的血液如同巧克力样，所以也被称为巧克力囊肿。异位内膜生长影响： 种植在卵巢上的异位子宫内膜会不断生长，影响卵巢的正常结构和功能，导致卵巢囊肿逐渐增大。而且这种囊肿会随着月经周期反复出血，引起周围组织粘连等问题。