畸胎瘤的病因目前尚未完全明确，可能与胚胎期生殖细胞异常分化等因素有关。
一、生殖细胞异常分化
在胚胎发育过程中，生殖细胞的分化出现异常，导致原始生殖细胞在迁移等过程中停留在身体的某些部位，并且异常增殖，进而形成畸胎瘤。这种异常分化可能受遗传等多种因素影响，但具体机制仍需进一步深入研究。
二、遗传因素
部分畸胎瘤的发生可能与遗传因素相关。某些遗传综合征可能增加患畸胎瘤的风险，例如一些染色体异常相关的综合征，会使个体在胚胎发育阶段就存在发生畸胎瘤的潜在遗传基础，但具体的遗传关联还需要大量的遗传学研究来明确。
三、胚胎期环境因素
胚胎发育时期，如果孕妇接触了某些不良环境因素，如辐射、某些化学物质等，可能会干扰生殖细胞的正常分化过程，从而增加胎儿患畸胎瘤的可能性。不过，这种环境因素导致畸胎瘤的具体作用途径和机制还需要更多的实验和临床证据来支撑。
四、性别差异
从性别角度来看，畸胎瘤在不同性别中的发生情况有所不同。一般来说，卵巢畸胎瘤在女性中相对更常见，而睾丸畸胎瘤在男性中相对多见，但这也不是绝对的，具体的性别相关发病机制还与生殖器官的发育等多种因素有关，目前认为可能与不同性别生殖系统的胚胎发育特点以及激素等因素的影响有关。