肾结石形成的原因主要与尿液中某些物质浓度过高，从尿液中析出形成结晶有关。一般来说，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多是常见诱因。
代谢异常导致
尿液中钙含量过高： 当身体代谢出现问题时，比如肠道对钙的吸收增多，又或者肾脏对钙的排泄减少，都会使尿液中的钙含量升高。例如，一些患有原发性甲状旁腺功能亢进的人，甲状旁腺激素分泌异常，会导致血钙升高，进而使尿钙排出增多，增加肾结石形成风险。草酸摄入过多： 日常饮食中如果摄入大量草酸含量高的食物，像菠菜、巧克力、坚果等，就会使体内草酸含量增加。过多的草酸会与尿液中的钙结合，形成草酸钙结晶，长期积累就容易形成肾结石。比如，经常大量吃菠菜的人，患草酸钙肾结石的可能性相对较高。
泌尿系统相关因素
尿路梗阻： 当泌尿系统存在狭窄、结石等情况时，会导致尿液排出受阻。尿液在肾脏内停留时间过长，其中的矿物质就容易析出形成结石。例如，患有输尿管狭窄的患者，尿液排出不畅，很容易在狭窄部位上方形成肾结石。感染因素： 泌尿系统感染时，细菌、脓块等会作为核心，使尿液中的矿物质围绕其沉积形成结石。比如，肾盂肾炎患者，由于炎症刺激，尿液成分发生改变，容易促使肾结石形成。
其他因素影响
水分摄入不足： 如果平时喝水太少，尿液就会浓缩，导致尿液中各种矿物质的浓度升高，容易形成结晶进而发展成肾结石。一般建议每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，保证尿液充分稀释，降低结石形成几率。某些疾病影响： 一些疾病也会增加肾结石的形成风险，如痛风患者，体内尿酸代谢紊乱，尿酸含量升高，容易形成尿酸结石；还有肾小管酸中毒患者，肾脏对尿液的酸化功能出现异常，也可能促使肾结石形成。