肌张力障碍的病因较为复杂，可分为原发性和继发性等情况。
原发性肌张力障碍
多与遗传因素有关，基因变异等遗传因素可导致发病，往往有家族遗传倾向，家族中可能有多人患病，且起病年龄、症状表现等可能有一定的遗传模式，多见于儿童和青少年时期，部分患者病因不明但与遗传相关基因异常有关。
继发性肌张力障碍
- 神经系统病变：脑部的某些病变，如脑卒中、肿瘤、外伤等可引发。例如脑卒中导致局部脑组织受损，影响神经传导，可能引起肌张力障碍；脑部肿瘤压迫周围神经结构，干扰正常神经功能，也可能出现肌张力障碍表现。
- 药物因素：某些药物的使用可能诱发。比如长期使用抗精神病药物等，这些药物可能影响神经系统的神经递质平衡等，从而导致肌张力障碍，尤其在长期用药或药物剂量不合适时更易发生。
- 代谢障碍：一些代谢性疾病也可成为病因。像肝豆状核变性等代谢紊乱疾病，会导致体内铜等物质代谢异常，沉积在脑部等部位，影响神经功能，进而引发肌张力障碍，患者可能同时伴有其他代谢异常相关的症状，如肝功能异常等表现。
- 中毒因素：接触某些毒素也可能致病。例如一氧化碳中毒后，可能损伤神经系统，导致肌张力障碍，患者有明确的中毒接触史，且中毒后出现神经系统相关症状，其中肌张力障碍是表现之一。