肠镜检查一般对肠道损伤很小，正规操作下多数人不会有明显副作用，但也可能存在一些轻微情况。
肠镜检查后的常见轻微反应
腹部轻微不适：检查后少数人可能有短暂的腹部隐痛或腹胀，一般1~2天内会自行缓解，这是因为检查时向肠道内充气扩张肠道导致的。少量便血：有时在肠镜检查后会出现少量便血，多是因为肠镜检查时对肠道黏膜有轻微摩擦，通常量很少，1~2天内会停止，不需要特殊处理。
严重副作用发生的极少情况
肠道穿孔：这种情况非常罕见，发生率低于1/10000。多发生在肠道有严重病变（如严重狭窄、肿瘤浸润等）的患者身上，医生在操作前会评估患者情况，尽量避免这种情况发生。感染：肠镜检查是无菌操作，但如果患者本身肠道有感染性疾病且抵抗力较低，理论上有极小概率发生腹腔感染等，但通过严格的术前准备和规范操作可以大大降低风险。
检查前的准备可降低损伤风险
肠道清洁准备：检查前需要进行肠道清洁，按照医生要求服用泻药清理肠道，这样能让医生更清晰地观察肠道情况，同时也能减少检查时对肠道黏膜的损伤风险。一般需要服用1000~2000毫升的泻药，分多次服用，直到排出清水样便才算清洁干净。患者配合：检查时患者要配合医生的操作，按照医生的指令变换体位等，这样能帮助医生顺利完成检查，减少不必要的肠道损伤。比如左侧卧位等体位的配合有利于肠镜的推进和观察。