咽喉肿痛可以根据不同病因选择合适药物。一般来说，病毒感染引起的咽喉肿痛，可使用一些清热解毒的中成药；细菌感染导致的则可能需要用抗生素。比如由病毒引起的咽喉肿痛，常用的清热解毒中成药有蓝芩口服液等，能在一定程度上缓解症状。
病毒感染引起的咽喉肿痛用药
中成药：蓝芩口服液有清热解毒、利咽消肿的作用，适用于急性咽炎、肺胃实热证所致的咽痛、咽干、咽部灼热等。一般成人一次20毫升，一日3次。需要注意的是，孕妇慎用，过敏体质者慎用。含片类：西瓜霜含片也可缓解咽喉肿痛，它能清音利咽、消肿止痛，含服，一次1 - 2片，一日6次。但糖尿病患者及有高血压、心脏病、肝病、肾病等慢性病严重者应在医师指导下服用。
细菌感染引起的咽喉肿痛用药
抗生素：如果是细菌感染引发的咽喉肿痛，常用青霉素类抗生素，如阿莫西林等，但使用前需确定患者不对青霉素过敏。不过使用抗生素要谨慎，必须在医生诊断有细菌感染证据后才能使用，不能自行随意服用。另外，头孢类抗生素如头孢拉定等，也可用于敏感菌引起的咽喉部细菌感染，但同样要注意过敏问题以及遵医嘱使用。
局部对症用药
漱口水：使用含有氯己定等成分的漱口水，能清洁口腔，减轻咽喉部细菌滋生，从而缓解肿痛。一般一天使用2 - 3次，每次含漱30秒左右。不过，孕妇和儿童使用需谨慎，最好在医生指导下选择合适的儿童专用漱口水。喷雾剂：一些咽喉喷雾剂，如开喉剑喷雾剂，有清热解毒、消肿止痛的功效，可用于咽喉肿痛、口干口苦等。喷于患处，一次适量，一日数次。儿童使用时要注意剂量，需在成人监护下使用。需要注意的是，如果咽喉肿痛症状持续不缓解或者加重，如出现高热、呼吸困难等情况，应及时就医，不能只依赖药物自行处理。同时，在用药过程中要关注自身反应，如有不适要及时停药并咨询医生。