DHA一般情况下安全性较好，但可能存在一些少见的副作用情况。
消化道方面
个别人群服用DHA后可能出现胃肠道不适，如轻微的恶心、腹胀等，这可能与个体的胃肠道敏感程度有关，有些人对DHA的成分耐受性稍差，摄入后就可能引发消化道的轻微反应。
过敏反应
极少数人可能对DHA过敏，表现为皮肤瘙痒、皮疹等过敏症状，这与个人的过敏体质相关，过敏体质者接触DHA后免疫系统会做出异常反应。
与药物相互作用
如果正在服用其他药物，DHA有可能与某些药物发生相互作用，但这种情况比较罕见，不过对于有基础疾病需要同时服用多种药物的人群，还是需要谨慎，因为存在潜在的相互作用风险。
特殊人群情况
- 孕妇：正常合理摄入DHA一般无明显副作用，但如果过量服用，可能会对孕妇的脂质代谢等产生一定影响，所以孕妇补充DHA也需要在医生指导下适量进行，根据自身的营养状况和孕期情况来确定合适的摄入量。
- 婴幼儿：低龄婴幼儿自身代谢和器官功能发育尚不完善，一般不建议自行额外补充DHA，除非是经过医生评估有特殊需求的情况，因为过量补充可能超出婴幼儿身体的代谢能力，带来未知风险，应优先通过合理的母乳喂养等天然途径获取营养。