药物流产时会有一定疼痛，一般疼痛程度类似较强烈的痛经，持续时间通常在数小时左右。
药物流产疼痛的个体差异
与孕周有关：孕周越小，疼痛相对可能越轻。一般孕周在7周内的药物流产，疼痛程度相对孕周偏大的可能稍轻些，但也存在个体差异。与个人痛阈有关：痛阈低的人可能觉得药物流产时的疼痛比较明显，而痛阈高的人相对能耐受一些。
药物流产过程中的疼痛阶段
服药前期的等待期：服用米非司酮期间，一般不会有明显的疼痛感觉，多数人没有特殊不适，少部分人可能会有轻微的恶心、呕吐等胃肠道反应。服药后期的宫缩痛：服用米索前列醇后，会引起子宫收缩，从而出现疼痛，目的是促使胚胎排出。这个时候疼痛会逐渐加剧，子宫收缩会一阵一阵的，每次收缩可能会持续几十秒到几分钟不等，随着宫缩的进行，胚胎会慢慢排出，疼痛也会随着胚胎的排出有所缓解，但整个过程的疼痛会让很多人感觉比较难受。
缓解药物流产疼痛的相关情况
药物辅助缓解：在药物流产过程中，医生可能会根据情况使用一些辅助的方法来缓解疼痛，比如可以通过心理疏导等方式，让孕妇放松，一定程度上也能减轻对疼痛的感知。但总体上还是以子宫收缩引起的疼痛为主。另外，目前也有一些关于无痛药物流产的方式，就是在静脉麻醉下进行药物流产，这样孕妇在整个药物流产过程中处于睡眠状态，不会感受到疼痛，但需要符合无痛流产的相关适应症，比如没有麻醉禁忌等情况。