板蓝根一般不能治疗扁平疣。
扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，主要通过直接或间接接触传播。扁平疣好发于青少年，可突然起病，皮损多发于面部、手背、手臂，表现为大小不等的扁平丘疹，轻度隆起，表面光滑，呈圆形、椭圆形或多角形，境界清楚，可密集分布或由于局部搔抓而呈线状排列，一般无自觉症状，有时有轻度瘙痒感，病程呈慢性经过，可持续多年，部分患者可自行消退。
板蓝根是一种中药材，具有清热解毒、凉血利咽的功效，主要用于治疗温热发热、发斑、发疹、风热感冒、咽喉肿痛、痄腮、丹毒、痈肿等。目前并没有科学研究证明板蓝根对扁平疣有治疗作用，因此，不建议使用板蓝根治疗扁平疣。
治疗扁平疣的方法主要包括外用药物、物理治疗和系统治疗。外用药物包括维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏、酞丁胺软膏等，物理治疗包括冷冻治疗、激光治疗、电灼治疗等，系统治疗包括抗病毒药物、免疫调节剂等。具体治疗方法需要根据患者的病情、年龄、健康状况等因素综合考虑，建议在医生的指导下进行治疗。
此外，扁平疣患者在日常生活中应注意个人卫生，避免搔抓疣体，以免造成自身接种传播；同时应避免与他人共用毛巾、浴巾等生活用品，以防交叉感染。