巨肠结宝宝主要症状有排便困难，多数宝宝出生后24-48小时内没有胎便排出，或者排出胎便时间比正常新生儿延迟。还有腹胀，腹部会明显膨隆，像皮球一样胀起来，而且腹胀会进行性加重。另外，呕吐也比较常见，小婴儿可能会频繁吐奶，大一点的宝宝可能会呕吐带有胆汁的胃内容物。
排便方面的症状表现
胎便排出延迟： 正常新生儿出生后24小时内就应该排出胎便，而巨肠结宝宝很多在出生后24 - 48小时都没有胎便排出，这是比较典型的早期表现之一。顽固性便秘： 随着宝宝长大，会出现顽固性便秘情况，大便很难排出，需要借助开塞露等外力才能排便，而且排便间隔时间越来越长。
腹胀相关症状
进行性腹胀： 出生后不久就开始出现腹胀，并且腹胀会越来越严重，肚子越胀越大，用手触摸能感觉到腹部很硬。宝宝的腹部外观看起来像青蛙肚一样，向上隆起明显。腹部膨隆表现： 除了整体膨隆外，还能看到腹部的肠型，也就是肠道的轮廓在腹壁上清晰可见，这是因为肠道积气扩张导致的。
呕吐症状特点
早期呕吐情况： 在出生后不久可能就会出现呕吐，呕吐物可能是乳汁，随着病情发展，呕吐物可能含有胆汁。如果是高位肠梗阻型的巨肠结，呕吐出现得更早，而且呕吐频繁。呕吐与病情关系： 腹胀越严重，呕吐往往也会越明显，因为肠道梗阻，内容物无法顺利通过，就会向上反流引起呕吐。