先天性隐睾会对患儿的生殖健康等多方面造成危害。据统计，单侧隐睾患者成年后不育的发生率约为30% - 60%，双侧隐睾患者成年后不育的发生率则更高。
对生殖系统的影响
睾丸生精功能受损： 正常睾丸在阴囊内，温度比腹腔低，适合精子生成。隐睾时，腹腔内温度相对较高，会影响睾丸内生精细胞的发育，导致精子数量减少、质量下降。比如，隐睾患儿到青春期时，睾丸体积往往比正常阴囊内睾丸小，生精功能也会出现不同程度的异常。增加恶变风险： 隐睾发生肿瘤的几率比正常阴囊内睾丸高20 - 50倍。腹腔内的高温环境等因素会使睾丸组织发生病变，增加睾丸恶性肿瘤的发病风险，如精原细胞瘤等。
对心理方面的影响
产生自卑心理： 隐睾患儿可能因外生殖器外观与正常孩子不同，在成长过程中受到同伴的关注和议论，从而产生自卑心理。尤其是进入青春期后，这种心理可能会更加明显，影响孩子的心理健康和社交能力。影响自我认同： 孩子在认知自我身体特征的过程中，隐睾情况可能会让他们对自身身体产生疑惑，影响正常的自我认同发展，可能导致性格上的孤僻等问题。
对日常生活的影响
活动受限风险： 隐睾处于腹腔或腹股沟等部位时，在孩子日常活动过程中，比如奔跑、跳跃等，隐睾可能会受到拉扯，增加睾丸扭转的风险。一旦发生睾丸扭转，会导致睾丸缺血坏死，严重影响生殖功能。增加受伤几率： 隐睾位置相对表浅且不稳定，在受到外力碰撞时，比正常阴囊内睾丸更容易受伤，给孩子的日常生活带来潜在的健康威胁。