新生儿化验大便时，首先要准备干净的容器，比如可以用医院提供的无菌、清洁的塑料盒。一般来说，取大便的量大概需要5克左右，差不多是小拇指头大小的量。
取大便的容器选择
医用塑料盒：医院通常会提供专门的无菌塑料盒来收集新生儿大便，这种盒子干净卫生，能避免污染大便样本。干净纸袋：如果没有医用塑料盒，也可以用干净、干燥的纸袋，但要注意不能有纸屑等杂质混入，且要保证纸袋清洁。
采集大便的时机
随时采集：只要新生儿有大便排出，就可以进行采集。不过最好选择刚排出的新鲜大便，因为时间过长的话，大便中的成分可能会发生变化，影响化验结果。特定情况：如果是为了检查是否有肠道感染等情况，有时候需要在新生儿有腹泻症状时及时采集，比如一天内多次稀便时，尽快采集样本送检。
采集大便的操作方法
用棉签蘸取：可以用消毒过的棉签轻轻蘸取新生儿大便的表面部分，注意不要碰到尿布等其他污染物。直接收集：如果是大便排在干净的尿布上，可以用干净的小勺等工具迅速舀取适量大便，然后转移到准备好的容器中。要尽量保证所取大便没有被尿液等混合，因为尿液会影响化验的准确性。