儿童扁桃体肥大可能带来多方面危害，比如约30%的儿童会因扁桃体肥大出现睡眠呼吸暂停现象，影响正常呼吸。
影响呼吸功能
夜间呼吸受阻： 扁桃体肥大会堵塞呼吸道，儿童在睡眠时可能出现张口呼吸、呼吸不规律的情况，严重的还可能导致呼吸暂停，每次暂停时间可能持续数秒到数十秒不等，长期如此会影响孩子的血氧供应。白天精神不佳： 因为夜间睡眠质量差，孩子白天会显得困倦、注意力不集中，影响学习和日常生活状态。
引发耳部问题
导致分泌性中耳炎： 扁桃体与咽鼓管关系密切，扁桃体肥大可能影响咽鼓管功能，使中耳内气压失衡，进而引发分泌性中耳炎，出现耳闷、听力下降等症状，有数据显示约20%的扁桃体肥大儿童会并发分泌性中耳炎。影响听力发育： 长期的分泌性中耳炎如果不及时处理，可能会影响儿童的听力发育，尤其是在语言发育关键期的儿童，可能会对其语言能力发展造成一定阻碍。
诱发咽喉部反复炎症
频繁咽喉不适： 扁桃体是免疫器官，但过度肥大的扁桃体容易成为细菌、病毒滋生的“温床”，导致咽喉部反复发炎，表现为咽喉疼痛、异物感等，孩子会经常说喉咙不舒服，影响进食和说话。炎症反复发作： 这种反复的炎症还可能形成恶性循环，使得扁桃体肥大情况进一步加重，炎症可能还会波及周围组织，引发邻近器官的炎症反应。
影响面部发育
引起腺样体面容： 长期张口呼吸会影响儿童面部骨骼的发育，导致上颌骨变长、腭骨高拱、牙列不齐、上切牙突出、唇厚等腺样体面容，这会对孩子的外貌产生一定影响，而且一旦形成腺样体面容，后期可能需要通过正畸等复杂治疗来改善。