先心病有一定遗传倾向，但不是绝对会遗传。研究显示，约10%的先心病患儿与遗传因素密切相关，若家族中有先心病患者，其后代患先心病的风险比普通人群高2~3倍。
先心病的遗传方式
单基因遗传因素：某些单基因的突变可能导致先心病。比如，编码心脏发育相关蛋白的基因发生突变，就有可能引起心脏结构或功能的异常，从而导致先心病的发生。多基因遗传因素：先心病往往是多基因与环境因素共同作用的结果。多个基因的微小变化加上环境因素（如孕期感染、接触有害化学物质等）的影响，会增加先心病的发病风险。例如，孕妇在孕期感染风疹病毒，再加上自身某些基因的易感性，就更容易生出患先心病的宝宝。
先心病的家族聚集情况
同胞中的风险：如果父母一方患有先心病，其同胞患先心病的概率约为2%~3%；如果父母双方都患有先心病，那么同胞患先心病的概率会升高到10%左右。家族中多人患病：当家族中有多人患有先心病时，遗传因素的影响更为明显。比如一个家族中有祖父母、父母和子女都患有先心病，那么遗传因素在其中起到了关键作用，但也不能忽视环境因素在每一代发病中可能产生的影响。
降低先心病遗传风险的措施
孕前遗传咨询：有先心病家族史的夫妇，在计划怀孕前应进行遗传咨询。遗传咨询师会详细了解家族的先心病发病情况，评估遗传风险，并给予相应的建议，如是否需要进行基因检测等。孕期保健：即使有遗传倾向，孕妇在孕期注意保健也很重要。要避免接触有害物质，如避免接触放射性物质、远离化学毒物；按时进行产检，及时发现胎儿是否存在心脏发育异常等情况，以便早期采取措施。新生儿筛查：对于有先心病家族史的新生儿，要加强新生儿时期的筛查。通过心脏超声等检查手段，尽早发现先心病，以便及时进行干预治疗，提高患儿的预后。