儿童脑炎大多为单纯疱疹病毒感染，引起的单纯疱疹病毒性脑炎。治疗的疗程基本在2-3周左右，这是因为治疗单纯疱疹病毒性脑炎，最基础的用药，是抗病毒治疗和肾上腺皮质激素治疗。
抗病毒药物主要为阿昔洛韦或者更昔洛韦，两种药物的治疗疗程均为14-21天。大部分患者通过14-21天治疗可以改善，但如果病情较重，就需要延长抗病毒治疗时间，或者再次抗病毒治疗1疗程。
肾上腺皮质激素治疗的疗程在10-14天，儿童脑炎治疗需要2-3周，病情重的需要4-6周。儿童脑炎病情比较重，所以及时诊断和早期治疗很重要，未经抗病毒治疗或者是治疗不及时，用药不充分的儿童，预后不好，甚至有生命危险。