新生儿在以下情况可考虑吃益生菌：一是使用抗生素时，抗生素在杀灭有害菌的同时，可能会破坏肠道有益菌平衡，此时补充益生菌有助于维持肠道菌群稳定；二是出现肠道功能紊乱，如腹泻、便秘等情况时，益生菌可调节肠道微生态，改善肠道功能；三是早产儿、低出生体重儿等特殊新生儿群体，其肠道菌群发育不完善，适当补充益生菌利于肠道健康发育。
抗生素使用时
新生儿使用抗生素过程中，为避免肠道菌群失调，可在医生指导下适时补充益生菌，因为抗生素会无差别地影响肠道菌群，补充益生菌能帮助重建有益菌群环境。
肠道功能紊乱时
当新生儿出现腹泻，表现为大便次数增多、性状改变时，或出现便秘，排便困难等情况时，肠道微生态失衡，补充益生菌有助于恢复肠道正常的蠕动和菌群平衡，改善腹泻或便秘症状。
特殊新生儿群体
早产儿由于在母体内发育时间不足，肠道菌群定植不完善；低出生体重儿自身肠道功能相对较弱，这类新生儿适当补充益生菌，可促进肠道菌群的建立和肠道功能的成熟，对其健康成长有积极意义，需在医生评估后合理使用。