移植两个囊胚存在一定危险，比如多胎妊娠风险增加。有研究显示，移植两个囊胚时多胎妊娠的发生率可能达到20% - 30%，而移植单个囊胚时多胎妊娠发生率相对较低。
多胎妊娠相关风险
早产风险： 多胎妊娠时，孕妇发生早产的几率大幅提升。因为子宫要容纳多个胎儿，承受的压力更大，一般来说，双胎妊娠早产发生率约为50%，三胎及以上早产风险更高。而单胎妊娠早产几率相对低很多。妊娠高血压风险： 多胎妊娠孕妇患妊娠高血压的风险比单胎高。双胎妊娠中妊娠高血压的发生率能达到20%左右，这会增加孕妇出现蛋白尿、水肿等症状的可能，严重时还会影响母婴健康。单胎妊娠时妊娠高血压发生率通常在10%以下。
对母体身体的影响
产后出血风险： 多胎妊娠由于子宫过度膨胀，产后子宫收缩乏力的情况更易发生，从而导致产后出血的风险增加。双胎妊娠产后出血发生率约为10%，单胎妊娠产后出血几率低得多。身体恢复难度： 多胎妊娠对母体身体的消耗更大，产后母体身体恢复相对更慢。比如子宫复旧时间可能比单胎更长，身体各器官需要调整的时间也更久。
对胎儿的影响
低体重儿风险： 多胎妊娠中胎儿发生低体重的几率较高。双胎妊娠中低体重儿发生率约为15%，因为子宫内空间有限，胎儿营养供应相对不足。单胎妊娠低体重儿发生率通常在5%以下。发育不良风险： 多胎环境下，胎儿之间可能会竞争营养等，导致部分胎儿发育相对不良，出现生长受限等情况，影响胎儿的健康成长。