一边颧骨高一边颧骨低可能由多种原因引起。一般来说，先天性因素是常见原因之一，比如在胚胎发育过程中面部骨骼生长不对称，这种情况可能从出生时就存在一定差异。另外，长期的不良咀嚼习惯也可能导致，比如长期用一侧牙齿咀嚼食物，会使该侧的咀嚼肌发达程度与另一侧不同，进而影响颧骨外观，长期如此可能造成一边颧骨相对较高。
先天性发育因素
胚胎发育差异： 在胎儿发育阶段，面部骨骼的形成受多种基因和环境因素调控，如果出现基因表达异常或者受外界不良因素干扰，就可能导致两侧颧骨发育不对称。这种先天性的差异可能从出生后就能观察到，而且一般不会自行改善。遗传因素影响： 如果家族中有面部骨骼发育不对称的遗传倾向，那么后代出现一边颧骨高一边颧骨低的概率会相对增加。遗传因素会影响面部骨骼的生长模式和比例。
后天生活习惯因素
单侧咀嚼习惯： 长期只用一侧牙齿咀嚼食物，会使该侧的咀嚼肌不断得到锻炼而发达。咀嚼肌包括咬肌等，咬肌过于发达会在视觉上显得该侧颧骨相对较高。例如，有些偏侧咀嚼的人，可能一侧咬肌明显更厚，从而让颧骨外观有差异，这种情况可能在长期坚持单侧咀嚼后逐渐显现。外伤因素： 一侧面部曾经受到外伤，比如骨折后没有得到正确的治疗和愈合，可能会导致颧骨愈合后出现不对称的情况。如果外伤后骨折部位愈合不良，骨痂生长不均匀等，就可能造成一边颧骨高一边颧骨低。比如曾经有过单侧面部撞击伤，恢复后发现两侧颧骨有明显差异。
疾病相关因素
面部骨骼疾病： 某些面部骨骼的疾病也可能导致颧骨不对称。例如骨纤维异常增殖症，这是一种病因不明的骨骼疾病，会使骨骼组织发生异常增殖，可能导致面部骨骼不对称，包括颧骨部位。这种疾病通常在青少年时期开始逐渐表现出来，会影响面部外观。神经系统疾病： 一些神经系统疾病可能影响面部肌肉的支配，导致面部肌肉运动不平衡，进而影响颧骨外观。比如面神经麻痹，在恢复过程中如果两侧恢复程度不同，可能会造成面部肌肉力量不均衡，长期下来也可能表现为一边颧骨高一边颧骨低。例如面神经麻痹患者经过治疗后，可能出现一侧面部肌肉仍有轻微无力，导致两侧颧骨外观有差异。