长期雾化吸入治疗可能会引起一些副作用。一般来说，不同药物雾化吸入长期使用时副作用有所不同，比如布地奈德雾化吸入剂长期使用可能出现口腔念珠菌感染等情况，有研究显示约5% - 10%的患者可能出现这种情况。
局部副作用方面
口腔咽喉不适： 长期雾化吸入某些药物可能导致口腔和咽喉不适。例如使用一些刺激性较强的药物进行雾化时，可能会引起口干、咽喉疼痛等症状。有些患者长期雾化后会感觉口腔有异味，这可能与药物在口腔内残留有关。口腔念珠菌感染： 像糖皮质激素类药物长期雾化吸入，就比较容易引发口腔念珠菌感染。这是因为这类药物会改变口腔内的菌群环境，为念珠菌的滋生创造条件。一旦发生口腔念珠菌感染，患者可能会发现口腔内有白色斑膜，吞咽时可能会有不适感。
全身副作用方面
肾上腺皮质功能抑制： 长期大剂量使用糖皮质激素进行雾化吸入，可能会影响肾上腺皮质功能。因为糖皮质激素会通过负反馈机制抑制下丘脑 - 垂体 - 肾上腺轴，长期如此可能导致肾上腺皮质功能减退，出现乏力、食欲减退等症状。有研究表明，连续使用糖皮质激素雾化超过2 - 3周，就有可能出现这种肾上腺皮质功能抑制的风险。生长发育影响（儿童）： 对于儿童患者，长期雾化吸入糖皮质激素可能会对生长发育产生一定影响。儿童处于生长发育阶段，长期使用这类药物可能会干扰下丘脑 - 垂体 - 生长激素轴，导致生长速度减慢。不过一般来说，规范使用小剂量的糖皮质激素雾化吸入，这种影响相对较小，但仍需要密切监测儿童的生长指标。
药物相关特异性副作用
β₂受体激动剂长期使用： 像沙丁胺醇等β₂受体激动剂长期雾化吸入，可能会出现心悸、手抖等副作用。这是因为这类药物在激动β₂受体的同时，也可能会对心脏和神经系统产生一定影响。长期使用还可能导致药物耐受性增加，即需要更大剂量才能达到相同的治疗效果。氨基糖苷类药物雾化吸入： 虽然现在临床上较少使用氨基糖苷类药物进行雾化吸入，但如果长期使用，可能会出现耳毒性和肾毒性。耳毒性可能表现为耳鸣、听力下降，肾毒性则可能出现蛋白尿、肌酐升高等情况。这是因为这类药物的毒性代谢产物容易在体内蓄积，对耳和肾等器官造成损害。