自然流产后B超干净但还会流血，可能是以下原因引起：
1.子宫收缩不良：自然流产后，子宫需要收缩以关闭血管并排出剩余的组织。如果子宫收缩不良，可能会导致流血持续。
2.子宫内膜修复：即使B超显示子宫内没有残留组织，但子宫内膜的修复过程可能需要一段时间。在这个过程中，可能会有少量的流血。
3.激素水平不稳定：自然流产后，体内的激素水平需要时间恢复正常。激素水平的波动可能会影响子宫内膜的稳定，导致流血。
4.感染：自然流产后，子宫容易受到感染。如果发生感染，可能会引起炎症反应，导致出血。
5.其他因素：如过度劳累、情绪波动、性生活等，也可能影响子宫的恢复，导致流血。
针对这种情况，建议采取以下措施：
1.注意休息：避免过度劳累，保证充足的睡眠。
2.注意个人卫生：保持外阴清洁，避免感染。
3.观察流血情况：如果流血量逐渐减少且没有其他异常症状，可以继续观察。如果流血量增多、伴有腹痛或其他不适，应及时就医。
4.按医嘱用药：医生可能会开一些促进子宫收缩、止血或调节激素的药物，应按医嘱使用。
5.定期复查：遵医嘱进行B超或其他相关检查，以确保子宫恢复良好。
需要注意的是，每个人的身体恢复情况可能不同，如果自然流产后长时间流血或出现其他异常症状，应及时就医，以便明确原因并采取相应的治疗措施。同时，在自然流产后，应注意身体的调养，保持良好的生活习惯，为身体的恢复创造有利条件。