扁桃体发烧40度属于高热情况，危害较大。首先，高热可能会引起惊厥，尤其是对于儿童来说，3个月 - 5岁的儿童在体温突然升高到39℃以上时较容易发生热性惊厥，表现为双眼上翻、四肢抽搐等，对大脑可能造成一定影响。
对神经系统的危害
脑细胞受损风险增加： 人体体温持续处于40度，过高的温度会影响脑细胞的正常代谢。因为神经细胞对温度变化比较敏感，高热时细胞内的酶活性会受到影响，可能导致神经细胞功能紊乱甚至受损。研究发现，体温超过40度持续较长时间，会使大脑神经细胞的蛋白质结构发生改变，影响神经信号的传递。引发意识障碍： 严重时可能会出现意识模糊、嗜睡甚至昏迷等情况。当体温高达40度，身体的内环境稳态被打破，大脑的血液供应和氧供等也会受到影响，从而干扰大脑的正常功能，导致患者意识状态发生改变。
对心血管系统的危害
加重心脏负担： 高热时，身体代谢加快，心脏需要泵出更多的血液来满足机体代谢需求，这会使心脏的负担明显加重。心率会加快，成年人可能心率会达到120次/分钟以上，长期如此会增加心脏的耗氧量，可能诱发心肌缺血等问题。例如，本身有基础心脏疾病的患者，在扁桃体发烧40度时，更容易出现心悸、胸闷等症状，甚至可能引发心律失常。血压波动： 高热还可能引起血压的波动，可能出现血压升高的情况。因为体温升高会刺激交感神经兴奋，导致血管收缩，外周阻力增加，进而使血压上升，对于有高血压基础的人来说，这种血压波动可能会加重病情。
对呼吸系统的危害
呼吸加快加深： 为了散热，身体会通过加快呼吸来散发热量，此时呼吸频率会明显增加，可能达到30次/分钟以上。但长时间的呼吸加快加深会使呼吸肌疲劳，而且过高的体温会影响肺部的气体交换功能，导致机体缺氧情况加重。比如，会出现呼吸急促、喘息等表现，严重时可能导致呼吸衰竭。呼吸道黏膜受损： 高热时，呼吸道黏膜的血液循环会发生改变，黏膜的抵抗力下降，容易受到病原体的进一步侵袭，还可能导致黏膜干燥、分泌物黏稠不易排出，加重呼吸道的堵塞，影响呼吸功能，并且增加肺部感染的风险。