CT是利用X射线对人体进行断层扫描成像，检查速度较快，能快速获取图像，对骨骼、肺部等部位的病变显示较好，尤其适合急诊等需要快速诊断的情况，但有一定辐射。磁共振则是利用磁场和射频脉冲成像，无辐射，对软组织分辨率高，对脑部、脊髓、关节软组织等病变显示更清晰，但检查时间相对较长，体内有金属植入物（如心脏起搏器、金属关节等）的患者一般不能做磁共振。
成像原理不同
CT基于X射线穿透人体后不同组织吸收X射线程度差异成像；磁共振基于氢原子核在磁场中受射频脉冲激发后产生的信号成像。
适用部位有别
CT对骨骼、肺部等含气组织及急性出血等病变显示佳；磁共振对脑部、脊髓、关节软骨、韧带等软组织病变更具优势。
辐射情况有异
CT有辐射，虽然单次检查辐射剂量较低，但频繁检查需考虑辐射累积风险；磁共振无辐射，适合对辐射敏感人群及多次检查需求者。
检查时间长短不同
CT检查速度快，一般几分钟就能完成；磁共振检查时间较长，尤其是复杂部位成像可能需要十几分钟甚至更长时间，且检查过程中受检者需保持静止，对配合度要求高。
禁忌情况有差异
CT相对禁忌较少，但有严重肾功能不全使用碘对比剂可能有风险；磁共振禁忌较多，体内有金属植入物、心脏起搏器等情况通常不能做，幽闭恐惧症患者也可能不适合磁共振检查。