小腹有时候会隐隐作痛可能由多种原因引起，比如女性生理期时，约有60% - 90%的女性会有不同程度的小腹隐痛，一般在月经来潮前1 - 2天开始出现，经期中逐渐缓解。
妇科相关原因
月经相关：女性在月经期间，由于子宫内膜前列腺素含量增高，可能导致子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，出现小腹隐痛，还可能伴有腰酸等不适。另外，痛经分为原发性和继发性，原发性痛经多见于未婚未育女性，继发性痛经可能由子宫内膜异位症等疾病引起，也会导致小腹隐痛。妇科炎症：盆腔炎：女性盆腔内的器官如子宫、输卵管、卵巢等发生炎症时，会出现小腹隐痛，还可能伴有白带增多、异味等症状。盆腔炎分为急性和慢性，慢性盆腔炎往往是急性盆腔炎治疗不彻底转变而来。附件炎：输卵管和卵巢发生炎症称为附件炎，也会引起小腹隐痛，常在劳累、性交后及月经前后加重。
肠道方面原因
肠道痉挛：腹部受凉、进食过多生冷食物等可能引起肠道痉挛，导致小腹隐隐作痛，疼痛一般比较突然，呈阵发性。比如天气转凉时，有些人不注意腹部保暖，就容易出现肠道痉挛性的小腹隐痛。肠道炎症： 如结肠炎，可能由细菌、病毒感染或自身免疫等因素引起，除了小腹隐痛外，还可能伴有腹泻、大便不成形等症状。例如溃疡性结肠炎，病程较长，容易反复发作。
泌尿系统原因
膀胱炎：膀胱发生炎症时，会出现小腹隐痛，还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。女性由于尿道短而直，更容易发生膀胱炎，尤其是性生活后容易诱发。输尿管结石：当输尿管内有结石时，可能会引起小腹隐痛，疼痛往往比较剧烈，呈阵发性，还可能伴有血尿等症状。结石在输尿管内移动时，会刺激输尿管黏膜，导致疼痛。