停经41天进行B超检查，不一定能看到孕囊。一般情况下，停经35天左右，B超可在宫腔内看到孕囊；停经42天左右，B超可看到胎芽和原始心管搏动。
需要注意的是，B超检查的结果可能因个体差异和受孕时间而有所不同。对于月经周期不规律或受孕时间较晚的女性，可能需要更长时间才能看到孕囊。此外，B超检查也有一定的局限性，如孕囊过小、位置不佳或存在其他异常情况时，可能会影响观察结果。
如果停经41天B超检查未看到孕囊，医生可能会建议进行其他检查，如血HCG测定、孕酮测定等，以帮助确定是否怀孕以及孕囊的位置和发育情况。如果血HCG测定结果提示怀孕，但B超检查未见孕囊，需要警惕宫外孕的可能。宫外孕是一种危险的情况，可能导致大出血等严重后果，需要及时就医。
如果血HCG测定结果正常，B超检查仍未见孕囊，可能是月经失调或其他原因导致的停经，医生会根据具体情况进行相应的处理。
总之，停经41天B超是否能看到孕囊，需要结合个体情况进行综合判断。如果对检查结果有疑问或担忧，应及时与医生沟通，以便获得更详细的解释和建议。同时，在等待检查结果的过程中，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态。