扁桃体切除可能存在一些危害，比如出血风险，术后24小时内是出血高峰期，发生率约为1% - 5%。另外，感染也是可能的危害之一，术后伤口感染几率大约在2% - 5%左右，会出现发热、局部红肿疼痛加重等表现。
免疫功能影响
儿童时期影响更明显： 扁桃体是人体免疫系统的一部分，尤其在儿童时期，扁桃体参与细胞免疫和体液免疫。儿童扁桃体切除后，短期内可能会使呼吸道局部免疫功能降低，有研究显示，儿童扁桃体切除后1年内上呼吸道感染发生率可能比未切除者高20%左右。成人相对影响小： 成人的免疫系统相对完善和稳定，扁桃体切除后对整体免疫功能的长期影响相对儿童来说没那么显著，但仍可能在某些特殊情况下，如身体免疫力低下时，出现呼吸道感染等风险略有增加的情况。
局部不适症状
疼痛不适： 术后1 - 2天内疼痛较为明显，需要通过服用止痛药来缓解，一般疼痛会在1周左右逐渐减轻。部分患者可能会持续2周左右才基本缓解，在疼痛期间会影响进食，需要吃软食或流食。咽干咽痒： 扁桃体切除后，咽部的正常结构改变，部分患者会出现咽干咽痒的感觉，这种情况可能会持续数月，有的患者可能需要几个月甚至更长时间才能逐渐适应和缓解，在此期间可能会影响患者的日常说话和吞咽感受。
远期可能出现的问题
咽腔改变相关影响： 扁桃体切除后，咽腔的形态和功能会有一定改变，少数患者可能会出现咽部异物感，尤其是在进食较硬食物或说话较多时，异物感可能会比较明显，这种情况大约有5% - 10%的患者会出现。睡眠呼吸方面： 虽然大部分患者扁桃体切除后睡眠呼吸会改善，但少数情况下可能会出现新的睡眠呼吸相关问题，不过这种情况非常少见，发生率低于1%，主要是因为咽腔结构改变后，在特定的睡眠状态下可能会影响气流通过，但一般通过进一步评估和相应治疗大多可以解决。