光子嫩肤可能存在一些危害，比如皮肤泛红，一般在治疗后1~2天内较为明显，通常1~2周可恢复；还可能出现色素沉着，尤其是肤色较深的人群发生概率相对高一些，大约有5%~10%的人可能出现暂时性的色素改变。
皮肤可能出现的不适反应
红斑反应： 光子嫩肤后皮肤会有不同程度的红斑，这是因为光子能量作用于皮肤，刺激了皮肤组织。一般来说，轻度的红斑在数小时到1天内会逐渐消退，中重度的红斑可能需要2~3天甚至更长时间恢复，但大多数都能恢复正常。肿胀： 部分人在光子嫩肤后会出现肿胀情况，通常是轻微肿胀，一般1~2天达到肿胀高峰，然后逐渐消退，多数在3~5天内肿胀基本消失。
色素相关问题
色素减退： 极个别情况下可能出现色素减退，这是因为光子能量操作不当，破坏了皮肤的色素细胞平衡。发生概率较低，大约在1%以下，但一旦出现可能需要数月甚至更长时间来观察是否能自行恢复，严重的可能需要进一步的治疗来改善。色素沉着加重： 对于本身有色素沉着问题，如黄褐斑患者，在进行光子嫩肤后可能会出现色素沉着加重的情况。有研究表明，这类人群中约有3%~5%会出现这种情况，所以本身有黄褐斑等色素性皮肤问题的人在考虑光子嫩肤时需要谨慎评估风险。
感染风险
细菌感染： 如果术后皮肤护理不当，比如过早让治疗部位接触水，或者用手搔抓等，就有可能引发细菌感染。一旦发生感染，局部会出现红、肿、热、痛等症状，严重的还可能有脓性分泌物。感染的发生率相对较低，大约在0.5%左右，但一旦发生就需要及时就医进行抗感染治疗。病毒感染： 虽然概率很低，但也存在病毒感染的可能，比如单纯疱疹病毒感染，尤其是本身有单纯疱疹病史的人，在光子嫩肤后可能会诱发复发，表现为治疗部位出现群集性的小水疱等症状。
长期潜在影响
皮肤屏障受损： 频繁进行光子嫩肤或者操作能量过高，可能会导致皮肤屏障受损。皮肤屏障受损后，皮肤会变得敏感，容易出现干燥、脱屑、瘙痒等问题，而且皮肤的自我修复和防御能力下降，可能会更容易受到外界因素的刺激。有研究发现，长期过度进行光子嫩肤的人群中，约有10%左右会出现不同程度的皮肤屏障受损情况。皮肤老化加速风险： 目前虽然没有确凿的大规模研究表明光子嫩肤会直接导致皮肤老化加速，但如果操作不规范，过度破坏皮肤组织，从理论上来说可能会对皮肤的正常结构和功能产生不良影响，进而在长期可能会出现皮肤老化相关的表现，不过这种情况发生的概率非常低，大约在0.1%以下。