小儿脑炎的后遗症可能包括智力障碍，据统计，约10% - 30%的小儿脑炎患者会出现不同程度的智力减退；运动功能障碍也是常见后遗症，比如肢体瘫痪、运动不协调等，有的孩子可能无法正常行走或完成精细动作；还有癫痫发作，部分小儿脑炎后会出现癫痫，发作频率因人而异，有的可能偶尔发作，有的则频繁发作。
智力障碍方面
小儿脑炎如果病情较重，影响了大脑的神经细胞功能，就可能导致智力发育受到影响。轻度的智力障碍可能表现为学习能力比正常儿童差，注意力不集中等；重度的智力障碍则会严重影响孩子的日常生活和学习，需要长期的康复训练来帮助改善。
运动功能障碍方面
肢体瘫痪： 当脑炎累及到支配肢体运动的神经中枢时，孩子可能出现一侧或双侧肢体的瘫痪，比如手臂无法抬起、腿部不能站立行走等。这需要通过康复理疗、运动训练等方式来促进恢复，而且康复训练往往需要较长时间，可能需要数月甚至数年。运动不协调： 孩子会出现动作笨拙，比如拿东西不稳、走路容易摔跤等情况，这是因为大脑对肌肉的控制和协调功能受损，影响了孩子的运动平衡能力。
癫痫发作方面
小儿脑炎后出现癫痫是因为大脑神经元异常放电引起的。癫痫发作形式多样，有的是全身性抽搐，表现为突然意识丧失、四肢抽搐、口吐白沫等；有的是部分性发作，可能只是身体某一部分的抽动。一旦出现癫痫发作，需要及时就医，通过药物来控制发作频率，而且需要长期规律服药，不能随意停药。