会厌囊肿通常是由于会厌黏膜的黏液腺管受阻，导致黏液潴留所形成。一般来说，其形成原因主要有以下几方面：
先天性发育异常导致
先天性会厌黏液腺管堵塞： 胎儿在发育过程中，会厌部位的黏液腺管如果出现先天性的狭窄或者堵塞情况，就会使得黏液无法正常排出，逐渐潴留形成囊肿。这种情况从胚胎发育时期就存在潜在因素。先天性会厌舌面囊肿： 这是一种较为常见的先天性会厌囊肿类型，是由于会厌先天性的发育异常，导致黏液腺管阻塞，黏液积聚而形成囊肿，多在儿童时期就可能存在，但有时可能到成年后才被发现。
慢性炎症刺激引起
咽喉部慢性炎症： 长期的咽喉部慢性炎症，比如慢性咽炎等，会反复刺激会厌部位的黏膜，使得黏膜的黏液腺管受到影响，发生阻塞。像一些长期吸烟、饮酒的人，咽喉部长期受到刺激，就容易引发慢性炎症，进而增加会厌囊肿的发生风险。例如，长期吸烟的人，其咽喉部黏膜长期处于炎症状态的概率比不吸烟的人要高很多。邻近器官炎症蔓延： 邻近的器官如果发生炎症，也可能蔓延影响到会厌部位。比如喉部的炎症、扁桃体炎等，如果没有得到及时有效的控制，炎症可能会蔓延至会厌，导致会厌黏膜的黏液腺管受阻。比如扁桃体反复发炎，炎症可能会波及会厌，引起会厌黏膜的反应，出现黏液腺管堵塞情况。
创伤因素导致
外伤引起： 喉部受到外伤，比如异物刺伤会厌黏膜，或者喉部受到外力撞击等，都可能导致会厌黏膜的黏液腺管受损，从而引起黏液潴留形成囊肿。例如，在进食过程中，如果不小心被鱼刺等异物刺伤会厌部位，就有可能损伤黏液腺管，后续容易形成会厌囊肿。医源性创伤： 在一些喉部的检查或者治疗过程中，也可能会造成会厌黏膜的创伤，比如喉镜检查时操作不当等，也有可能导致会厌黏膜的黏液腺管受损，进而引发会厌囊肿。比如过于粗暴的喉镜检查可能会损伤会厌黏膜，使黏液腺管堵塞，最终形成囊肿。