小肚子两侧疼痛可能由多种原因引起。比如女性在排卵期时，约有10%的人会出现一侧小肚子隐痛，一般持续1-2天可自行缓解。
妇科相关原因
盆腔炎：女性盆腔内的器官如子宫、输卵管、卵巢等发生炎症时，可能出现小肚子两侧疼痛，常伴有白带增多、异味等症状。盆腔炎急性发作时，可能伴有发热，体温可达到38℃左右。附件炎：附件包括输卵管和卵巢，附件炎多由病原体感染引起，炎症刺激会导致小肚子两侧疼痛，慢性附件炎可能会反复发作，迁延不愈。
肠道方面原因
结肠炎：如果是左侧小肚子两侧疼痛，可能与结肠炎有关，比如溃疡性结肠炎，除了腹痛外，还可能出现腹泻、黏液脓血便等症状，病情严重时可能影响营养吸收，导致体重下降。乙状结肠痉挛：饮食不规律、精神紧张等可能引起乙状结肠痉挛，导致小肚子两侧疼痛，一般疼痛呈阵发性，可通过调整饮食和放松心情有所缓解。
泌尿系统原因
输尿管结石：当左侧或右侧输尿管有结石时，会引起小肚子两侧剧烈疼痛，疼痛常呈绞痛样，还可能伴有血尿，部分患者疼痛发作时难以忍受，需及时就医处理。膀胱炎：膀胱发炎时也可能出现小肚子两侧牵涉痛，同时伴有尿频、尿急、尿痛等症状，急性膀胱炎起病较急，若不及时治疗可能转为慢性膀胱炎。