发烧头痛可能由多种原因引起，比如感染性疾病就较为常见，像普通感冒就可能导致发烧头痛，据统计，普通感冒患者中约有70% - 80%会出现不同程度的发烧头痛症状。
感染性疾病导致
病毒性感染：
普通感冒： 由鼻病毒等多种病毒引起，除了发烧头痛，还常伴有鼻塞、流涕、咳嗽等症状。一般病程在7 - 10天左右，发烧多为低热或中度发热。流感病毒感染： 流感病毒引发的流感比普通感冒症状更重，发烧往往是高热，体温可达到39℃以上，同时头痛更为剧烈，还可能伴有全身酸痛、乏力等症状，流感的潜伏期一般是1 - 7天，多为2 - 4天。
细菌性感染：
肺炎链球菌肺炎： 患者会出现发烧，体温可达39 - 40℃，同时伴有头痛，还会有咳嗽、咳痰，痰液可为脓性痰等表现。肾盂肾炎： 女性发病率相对较高，除了发烧头痛，还会有尿频、尿急、尿痛等泌尿系统症状，发烧多为低热或中度发热，但也有部分患者是高热。
非感染性疾病导致
自身免疫性疾病：
系统性红斑狼疮： 这是一种自身免疫性结缔组织病，患者可出现发热，热型不规则，同时伴有头痛，还会有面部红斑、关节疼痛等表现，病情可能会反复发作。类风湿关节炎： 主要累及关节，但也可能出现全身症状，如发烧、头痛，还会有关节肿胀、疼痛、畸形等表现，病情呈慢性迁延过程。
其他非感染性疾病：
中暑： 在高温环境下暴露过久容易发生，体温会升高，同时伴有头痛、头晕、口渴等症状，如果不及时处理，症状可能会加重。颅脑外伤： 头部受到外伤后，除了头部局部症状，也可能出现发烧头痛，这是因为外伤导致颅内受到一定影响，发烧可能是机体的一种应激反应。