三个月的宝宝耳朵流脓，可能是中耳炎导致，也可能是外耳道炎、湿疹等原因引起，具体如下：
1.中耳炎：
原因：宝宝的咽鼓管较短、宽且平直，位置也比较低，一旦发生上呼吸道感染，病原体就容易经咽鼓管进入中耳，引起炎症。另外，宝宝如果呛奶，奶液也可能经咽鼓管进入中耳。
症状：除了耳朵流脓，还可能伴有耳部疼痛、哭闹、发热、抓耳等表现。
治疗：需要及时就医，在医生的指导下使用抗生素进行治疗，如阿莫西林、头孢呋辛等。如果宝宝出现了鼓膜穿孔，脓液流出后，症状可能会有所缓解，但仍需要继续治疗，以免病情迁延不愈。
2.外耳道炎：
原因：宝宝的外耳道相对狭窄，皮肤娇嫩，耵聍（耳屎）容易积聚，且外耳道皮肤易受各种因素的刺激，如挖耳、进水、感染等，从而引起外耳道炎。
症状：除了耳朵流脓，还可能伴有耳部疼痛、瘙痒等表现。
治疗：需要及时就医，在医生的指导下使用抗生素进行治疗，如氧氟沙星滴耳液、红霉素软膏等。同时，要注意保持耳部清洁，避免进水和挖耳。
3.湿疹：
原因：宝宝的皮肤娇嫩，容易受到外界刺激，如汗液、口水、食物等，从而引起湿疹。湿疹如果发生在耳部，也可能导致耳朵流脓。
症状：除了耳朵流脓，还可能伴有耳部皮肤发红、肿胀、瘙痒等表现。
治疗：需要及时就医，在医生的指导下使用糖皮质激素进行治疗，如丁酸氢化可的松乳膏、糠酸莫米松乳膏等。同时，要注意保持耳部清洁，避免接触过敏原。
此外，耳朵流脓还可能是其他原因引起，如大疱性鼓膜炎、胆脂瘤型中耳炎等。如果宝宝出现耳朵流脓的情况，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，要注意保持宝宝耳部清洁，避免进水和挖耳，避免宝宝搔抓耳部，以免加重病情。