肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。其主要原因是肛腺感染，具体如下：
1.感染：
肛腺开口于肛窦，肛窦容易积存粪便引起肛腺炎，感染后可向肛门周围蔓延，形成肛门直肠周围脓肿。如果脓肿破溃，脓液从外口排出，就会形成肛瘘。
结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病等特异性炎症，也可并发肛瘘。
2.损伤：
来自消化道的肛管直肠损伤，外伤、吞咽鱼刺、金属类异物等，可导致肛管直肠损伤，细菌容易经损伤处进入肛腺，引起肛腺感染，进而形成肛瘘。
内痔插枯痔丁、局部注射等治疗时，操作不当也可导致感染，形成肛瘘。
3.其他：
会阴部手术，如内痔注射、外痔切除术等，操作不当可引起感染，形成肛瘘。
克隆病、白血病、恶性肿瘤等疾病，可并发肛瘘。