一、病原体感染
疱疹性咽峡炎主要由肠道病毒引起，其中最常见的是柯萨奇病毒A组的某些亚型，如A2、A4、A6、A8、A10等，肠道病毒71型（EV71）等也可导致该病发生。肠道病毒可通过消化道（粪-口途径）传播，例如宝宝接触了被病毒污染的食物、水等；也能通过呼吸道飞沫传播，在人群密集场所，如托幼机构等，病毒容易通过空气飞沫在儿童间传播。
二、宝宝自身免疫因素
婴幼儿时期宝宝免疫系统尚未完全发育成熟，免疫力相对较低，对肠道病毒的抵御能力较弱，所以相较于年龄较大的儿童更易感染肠道病毒引发疱疹性咽峡炎。当宝宝存在过度疲劳、睡眠不足等情况时，会进一步降低机体免疫力，增加感染肠道病毒的风险。
三、环境因素影响
1.人群密集环境：托幼机构、游乐场等人群密集场所，人员流动性大，肠道病毒容易在儿童之间传播，宝宝处于这样的环境中感染风险较高。
2.环境卫生不佳：如果周围环境中存在较多被肠道病毒污染的物品，而宝宝又有接触这些物品后放入口中等行为，就容易引发感染。例如公共设施表面可能残留病毒，宝宝接触后未及时清洁手部就触摸口鼻等部位，增加感染几率。
3.气温突变与通风不良：气温突变时宝宝体温调节功能尚未完善，容易出现身体不适，同时室内通风不良会使病毒在空气中浓度升高，增加宝宝感染肠道病毒引发疱疹性咽峡炎的可能性。