肺结节形成的原因较多，其中约有10%~20%的肺结节可能是早期肺癌，而大部分肺结节是良性的。比如炎症性肺结节较为常见，多是由于肺部受到细菌、病毒等感染引发炎症反应后形成的。
感染因素导致
细菌感染： 当人体肺部感染结核分枝杆菌时，就可能形成结核性肺结节。结核分枝杆菌感染后，会在肺部引发特异性的免疫反应，进而形成结节样病变。病毒感染： 像巨细胞病毒感染肺部，也有可能导致肺结节的产生。病毒入侵肺部细胞，引起肺部组织的异常增生等变化，从而形成结节。
环境因素影响
空气污染： 长期处于被污染的空气中，比如空气中含有大量的PM2.5、烟雾、粉尘等有害物质，这些物质被人体吸入肺部后，会对肺部组织造成刺激，长期积累可能诱发肺结节。据相关研究表明，长期生活在空气污染严重地区的人群，肺结节的发生率相对较高。职业暴露： 一些职业人群，例如长期接触石棉、铍、镉等有害物质的工人，由于工作中频繁接触这些致癌或刺激性的粉尘、化学物质，肺部受到的损伤风险增加，更容易出现肺结节。
自身因素相关
遗传因素： 部分肺结节的形成与遗传有一定关系。如果家族中有肺结节病史，尤其是有家族性遗传性肺结节综合征的情况，个体患肺结节的风险可能会高于常人。免疫系统异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，比如患有自身免疫性疾病，免疫系统错误地攻击肺部组织，也可能导致肺结节的形成。例如系统性红斑狼疮患者，其肺部受累时就可能出现肺结节。
其他因素
肺部既往疾病： 曾经患有肺部的其他疾病，如肺炎、肺结核等，在疾病治愈后，肺部组织可能会留下一些瘢痕，这些瘢痕组织也可能表现为肺结节。另外，肺部的陈旧性病灶也可能以肺结节的形式存在。