丙硫氧嘧啶和甲巯咪唑均属于抗甲状腺药物，都可通过抑制甲状腺内过氧化物酶，阻止甲状腺内酪氨酸碘化及碘化酪氨酸的缩合，从而抑制甲状腺素的合成。但在作用强度、起效时间、维持时间、不良反应等方面存在差异。具体如下：
1.丙硫氧嘧啶：
作用较强，能迅速控制血清中甲状腺激素水平。
起效较快，口服后2~3小时血药浓度可达峰值。
维持时间较长，半衰期约为6小时。
主要不良反应为白细胞减少和药疹等。
2.甲巯咪唑：
作用稍弱于丙硫氧嘧啶。
起效稍慢，口服后2~6小时血药浓度达峰值。
维持时间较长，半衰期约为12~18小时。
主要不良反应为皮疹、皮肤瘙痒、白细胞减少、肝功能异常等。
此外，丙硫氧嘧啶还可通过胎盘屏障，乳汁中浓度较高，孕妇及哺乳期妇女慎用。甲巯咪唑可通过胎盘屏障，但乳汁中浓度较低，哺乳期妇女慎用。
在临床应用中，医生会根据患者的具体情况（如病情、年龄、性别、合并症等）选择合适的药物，并根据患者的甲状腺功能、血常规、肝功能等指标调整药物剂量和治疗方案。患者应遵医嘱服药，定期复查，如有不适及时就医。