奥美拉唑是常用的抑制胃酸分泌药物，不过它也有一些副作用。一般来说，约1% - 3%的人可能会出现头痛、腹泻等较轻的副作用。
消化系统方面的副作用
胃肠道不适： 部分人服用奥美拉唑后可能出现腹痛、腹胀的情况，少数人会有恶心、呕吐症状。比如有的患者服用后感觉肚子隐隐作痛，影响日常进食。便秘或腹泻： 有一些人用药后会出现便秘，而另一些人则可能出现腹泻。这是因为奥美拉唑影响了胃肠道的正常功能，打乱了肠道的蠕动节奏。
神经系统的副作用
头痛： 大约有2%左右的人在服用奥美拉唑后会出现头痛症状，头痛程度因人而异，有的是轻微的胀痛，有的可能较为明显。头晕： 少数人会有头晕的感觉，在服药期间如果需要进行驾驶等需要高度集中注意力的活动，就要特别注意，因为头晕可能会影响操作安全。
其他方面的副作用
皮肤反应： 个别人可能出现皮疹等皮肤过敏反应，如果出现这种情况，应立即停药并就医。肝酶异常： 长期使用奥美拉唑可能会引起肝酶轻度升高，但一般是可逆的，不过用药期间需要定期监测肝功能。
奥美拉唑的注意事项
用药人群限制： 严重肾功能不全者要谨慎使用奥美拉唑，因为药物的代谢可能会受到影响。孕妇和哺乳期女性使用时需咨询医生，评估利弊后再决定是否用药。药物相互作用： 奥美拉唑会影响一些药物的代谢，比如它会使氯吡格雷的抗血小板作用减弱，所以如果正在服用氯吡格雷，使用奥美拉唑时要格外留意，可能需要调整用药方案。用药时间： 一般建议饭前半小时服用奥美拉唑，这样能更好地发挥抑制胃酸分泌的作用。而且不要长期大剂量自行服用奥美拉唑，应在医生的指导下根据病情合理使用。