促排卵药可能带来一些危害。比如，使用促排卵药后，多胎妊娠的风险会增加，有数据显示，使用促排卵药后双胎妊娠发生率可能较自然妊娠高很多倍。
卵巢过度刺激综合征风险
卵巢过度刺激： 促排卵药会促使多个卵泡同时发育，这可能引发卵巢过度刺激综合征。轻度的卵巢过度刺激综合征可能表现为腹胀、腹痛、恶心、呕吐等；重度的则可能出现胸腔积液、腹腔积液，甚至血液浓缩、电解质紊乱、血栓形成等严重情况，可能危及生命。卵巢过度刺激的诱因： 本身卵巢功能较好、对药物敏感的女性更容易发生卵巢过度刺激综合征。一般使用大剂量促排卵药物时，发生风险相对更高。
对母体其他系统的影响
心血管系统影响： 促排卵药可能影响体内激素平衡，进而对心血管系统产生影响。有研究发现，长期或不恰当使用促排卵药可能增加患高血压的风险，还可能影响血脂代谢，使血脂异常的发生几率升高。内分泌紊乱： 促排卵药会干扰正常的内分泌调节机制。它可能导致雌激素水平异常波动，从而引起月经紊乱，出现月经周期改变、月经量异常等情况，还可能影响女性的情绪，导致焦虑、抑郁等情绪问题。
对胎儿的潜在风险
低体重儿风险： 多胎妊娠中，由于子宫内空间有限，胎儿可能获得的营养相对不足，导致低体重儿的发生率增加。低体重儿可能存在各器官发育不完善等问题，出生后更容易出现呼吸窘迫、感染等多种并发症。先天畸形风险： 虽然目前还没有明确的大规模研究表明促排卵药会直接导致胎儿先天畸形率大幅升高，但多胎妊娠本身会使胎儿先天畸形的风险较单胎有所增加，而促排卵药往往与多胎妊娠相关，所以间接可能存在一定影响。