部分骶管囊肿缺乏明显的临床症状，仅在CT或MRl检查时偶然发现病变。有症状的骶管囊肿患者都出现与其所在解剖部位相一致的神经根受压症状，如臀部、骶尾部、大腿背侧、小腿、足部、会阴和肛周疼痛、麻木和膀胱直肠功能障碍，男性患者可出现性功能障碍、性交痛，女性患者可缺乏性快感。
站立、久坐、咳嗽和其他屏气动作可使上述症状加重，卧床休息后症状可减轻。部分患者表现为弥漫性、定位模糊的骶部疼痛，还有部分患者以会阴部马鞍区感觉异常为主，亦有部分患者表现为排尿功能障碍或性功能障碍、肛门烧灼样疼痛，长期于泌尿外科、男科、生殖医学科和普外科长期对症治疗或误诊。