三个月婴儿轻微咳嗽，可能是正常的生理现象，也可能是疾病引起的。具体分析如下：
1.生理现象：
环境因素：如果婴儿所处的环境温度过低或过高，空气过于干燥或污浊，可能会刺激呼吸道，引起咳嗽。
呛咳：婴儿在吃奶或喝水时，如果吞咽过快或过多，可能会导致呛咳。
呼吸道分泌物：婴儿的呼吸道黏膜比较娇嫩，容易受到刺激，产生少量的分泌物，从而引起咳嗽。
2.疾病因素：
上呼吸道感染：婴儿的上呼吸道感染，如感冒、鼻炎等，可能会导致咳嗽。
下呼吸道感染：肺炎、支气管炎等下呼吸道感染也可能引起咳嗽。
其他：百日咳、肺结核、先天性喉喘鸣等疾病也可能导致婴儿咳嗽。
如果三个月婴儿出现轻微咳嗽，可以先观察一段时间，看看咳嗽是否会加重，同时注意保持婴儿所处环境的温度和湿度适宜，给婴儿适当补充水分。如果咳嗽持续时间较长或伴有其他症状，如发热、喘息、呼吸急促等，应及时就医，以便明确病因，并进行相应的治疗。
在治疗期间，家长应注意给婴儿做好护理，保持室内空气流通，避免带婴儿去人多拥挤的场所，同时要注意给婴儿保暖，避免着凉。饮食上应以清淡易消化的食物为主，可适当增加水分和维生素的摄入，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物。