空囊形成的原因较多，可能涉及胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素等。据统计，胚胎染色体异常是导致空囊最常见的原因之一，约占50%~60%。
一、胚胎染色体异常
染色体数目异常： 比如常见的三体综合征，像21-三体、18-三体、13-三体等，是由于精子或卵子在形成过程中染色体分离异常导致的。正常人体细胞有23对染色体，若胚胎染色体数目出现异常，就容易出现空囊情况。染色体结构异常： 如染色体缺失、易位等，也会影响胚胎的正常发育，进而引发空囊。
二、母体因素
内分泌因素： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。例如，黄体功能不全时，卵巢排卵后形成的黄体分泌孕激素不足，影响子宫内膜的转化，不利于胚胎着床和发育，可能导致空囊。一般来说，孕酮值低于一定水平时就可能有风险。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺激素分泌过多或过少都会干扰胚胎的正常发育过程。自身免疫因素： 当母体存在自身免疫性疾病时，比如系统性红斑狼疮等，体内的自身抗体可能攻击胚胎，使得胚胎无法正常发育成有胎芽胎心的正常孕囊，从而出现空囊。
三、父亲因素
精子染色体异常： 父亲的精子染色体如果发生异常，比如携带异常的染色体，那么受精后形成的胚胎也可能出现问题，增加空囊的发生几率。虽然男性精子染色体异常的比例相对较低，但也是一个可能的因素。
四、环境因素
化学物质接触： 女性长期接触一些有毒的化学物质，像苯、甲醛等，会对生殖细胞产生不良影响，进而影响胚胎发育，导致空囊。比如在一些化工环境中工作的女性，接触这些化学物质的机会较多，空囊风险相对较高。辐射暴露： 过度接受放射性物质的辐射，如长时间接触X射线等，也可能损伤生殖细胞，影响胚胎着床和发育，引发空囊。