13岁女孩月经不正常多与下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴（HPO轴）发育不成熟有关。一般来说，初潮后的1 - 2年内，月经可能不太规律，约半数女孩需要2 - 5年才能建立规律的月经周期。
生理发育因素
性腺轴未完善： 13岁女孩的HPO轴还在不断发育成熟中，激素分泌尚不稳定，容易出现月经周期不规律，比如有的女孩月经周期可能在21天~45天甚至更长时间波动。子宫内膜情况： 此时子宫内膜对激素的反应也不够协调，可能导致月经经期时长和经量不稳定，有的女孩经期可能短至2 - 3天，长至7 - 8天，经量可能从较少逐渐过渡到相对稳定，但初期也会有经量时多时少的情况。
生活因素影响
饮食方面： 如果女孩过度节食减肥，摄入的营养不足，尤其是蛋白质、脂肪、维生素等缺乏，会影响激素的正常合成与分泌，进而干扰月经。比如长期只吃很少的蔬菜水果和主食，月经很容易变得不正常。作息不规律： 经常熬夜、睡眠不足会打乱身体的生物钟，影响内分泌系统，从而影响月经。例如每天熬夜到凌晨1点以后，连续几周，月经紊乱的概率会明显增加。压力过大： 学习压力大、心理紧张等情绪因素也会影响月经。像面临重要考试时，有的女孩月经可能推迟或者经量改变。
疾病相关因素
内分泌疾病： 比如多囊卵巢综合征，虽然青春期女孩相对少见，但也有可能发生，会出现月经稀发、经量少甚至闭经等情况。妇科疾病： 像子宫内膜炎等妇科炎症，也可能影响月经，导致月经周期紊乱、经量异常等。不过这种情况相对较少见，但如果女孩有下腹部疼痛、白带异常等伴随症状，就要考虑妇科疾病的可能。