骨髓移植存在多种风险，其中感染风险较为常见，移植后患者免疫系统受抑制，在移植后的1~3个月内，约有50%~70%的患者会发生感染，可能出现发热、咳嗽、腹泻等症状。
移植相关的排斥反应风险
移植物抗宿主病：这是骨髓移植较严重的并发症之一，发生率约为30%~70%。分为急性和慢性两种，急性移植物抗宿主病多在移植后100天内发生，主要表现为皮肤红斑、腹泻、肝功能异常等；慢性移植物抗宿主病可在移植后100天以后出现，症状多样，可能累及皮肤、口腔、眼睛等多个部位，影响患者生活质量。植活失败：植活失败的概率约为10%~20%，指移植的造血干细胞不能在患者体内正常生长繁殖，导致患者血细胞持续低下，需要再次进行移植等处理。
对器官功能的影响风险
对肝脏的影响：骨髓移植可能引起肝静脉闭塞病，发生率约为10%~40%，主要表现为肝肿大、黄疸、腹水等，严重时可导致肝功能衰竭。对肺部的影响：可能出现间质性肺炎等肺部并发症，发生率约为10%~30%，患者会有呼吸困难、咳嗽等症状，影响呼吸功能。
长期健康的潜在风险
继发肿瘤：骨髓移植后患者发生继发肿瘤的风险增加，可能比正常人群高10~100倍，常见的继发肿瘤有白血病、实体瘤等，一般在移植后数年甚至数十年后出现。生长发育受影响：对于儿童患者，骨髓移植可能影响其生长发育，如身高增长缓慢、青春期发育延迟等，因为移植过程中的药物、放疗等可能对儿童的生长板等造成一定影响。