卵巢囊肿通常直径超过5厘米时，往往需要考虑手术。比如卵巢囊肿持续存在超过3-6个月，且有增大趋势，就可能需要手术干预。
囊肿持续增大且有恶变倾向时
影像学检查提示异常： 通过B超、CT等影像学检查，如果发现卵巢囊肿的形态不规则，边界不清晰，内部回声不均匀，并且短期内迅速增大，这种情况下很可能存在恶变风险，一般建议手术。例如，B超检查发现囊肿直径在短时间内从3厘米增长到5厘米以上，就要高度重视。肿瘤标志物异常： 某些肿瘤标志物如CA125等明显升高，结合卵巢囊肿的情况，也提示可能有不良病变，此时通常需要手术来明确诊断并进行治疗。
囊肿引起急腹症时
扭转或破裂： 卵巢囊肿较大时可能发生蒂扭转，患者会突然出现一侧下腹剧烈疼痛，伴有恶心、呕吐等症状。如果不及时手术，可能会导致卵巢缺血坏死。还有囊肿破裂，会引起急性腹痛，腹腔内出血等情况，这时候需要尽快手术，清除囊肿内容物，处理破裂口等。比如有的患者突然剧烈腹痛，经检查是卵巢囊肿蒂扭转，必须马上手术解除扭转。
囊肿影响生育或月经时
导致不孕： 卵巢囊肿影响卵巢的正常排卵功能或者破坏卵巢组织，从而引起女性不孕。比如患有巧克力囊肿（子宫内膜异位囊肿）的女性，约有50%左右合并不孕，这时候可能需要手术治疗来改善生育状况。引起月经紊乱： 一些卵巢囊肿会干扰内分泌功能，导致月经周期紊乱、月经量异常等。如果经过药物等保守治疗无效，囊肿持续存在并严重影响月经，也需要考虑手术。例如有的女性因卵巢囊肿出现月经淋漓不尽长达2个月以上，经调理无效后可能需要手术解决囊肿问题。