小腿肌间静脉血栓的治疗方法需根据具体情况来定。一般来说，治疗方式主要包括药物治疗、一般治疗等。
药物治疗方面
抗凝药物： 常用的有低分子肝素，它可以通过抑制凝血因子的活性来防止血栓进一步发展。比如在急性期，可能会先使用低分子肝素进行皮下注射。另外还有华法林，不过使用华法林时需要定期监测国际标准化比值（INR），使其维持在合适的范围。新型口服抗凝药： 像利伐沙班等，这类药物相对华法林来说，用药相对方便，不需要频繁监测INR，但价格可能相对较高。
一般治疗情况
卧床休息与抬高患肢： 患者需要尽量多休息，并且把小腿抬高，一般抬高15 - 30度左右，这样有利于促进血液回流，减轻肿胀等症状。比如患者可以在床上躺着的时候，在脚下垫几个枕头，让小腿处于抬高的状态。避免按摩和剧烈活动： 小腿肌间静脉血栓形成后，千万不能对小腿进行按摩，也不能进行剧烈的活动，因为按摩或者剧烈活动可能会导致血栓脱落，从而引起更严重的肺栓塞等并发症。所以患者要尽量保持制动，减少腿部的不必要运动。
定期复查
超声检查： 患者需要定期进行下肢静脉超声检查，一般在开始治疗后的1 - 2周左右需要复查一次，观察血栓的变化情况。通过超声可以了解血栓是在缩小、稳定还是有进一步发展的趋势。比如第一次超声发现有血栓，过了1周复查超声，看血栓有没有变小或者有没有新的变化。凝血功能监测： 如果使用了抗凝药物，还需要定期监测凝血功能，以确保抗凝治疗的效果和安全性。比如使用华法林时，要定期抽血检查凝血指标，根据指标调整药物剂量等。