甲状腺疾病的引发原因较多，比如自身免疫因素，像自身免疫性甲状腺炎，约有10%-15%的人可能会因为自身免疫紊乱引发这类甲状腺问题；遗传因素也很关键，如果家族中有甲状腺疾病患者，那么其亲属患甲状腺疾病的风险比普通人高一些，有研究显示遗传因素参与了50%左右的甲状腺疾病发病。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 当人体自身免疫系统出现异常时，会错误地攻击甲状腺组织。例如，体内产生的抗体攻击甲状腺细胞，就可能引发自身免疫性甲状腺炎，这种情况在女性中的发生率相对较高，尤其是30 - 50岁的女性。Graves病： 也是自身免疫介导的甲状腺疾病，机体产生了刺激甲状腺细胞的抗体，使得甲状腺激素分泌过多，导致甲状腺功能亢进，大约有80%的Graves病患者是因为自身免疫因素引起的。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 甲状腺疾病具有一定的遗传易感性，如果家族中有甲状腺癌患者，那么家族成员患甲状腺癌的风险会比没有家族史的人高。比如，如果父母一方患有甲状腺癌，子女患甲状腺癌的概率大约会增加5% - 10%左右。特定基因关联： 一些特定的基因变异与甲状腺疾病的发生相关，例如与甲状腺激素合成、代谢相关的基因发生突变时，就可能增加患甲状腺疾病的风险，但具体的基因关联机制还在不断深入研究中。
环境因素相关
辐射暴露： 长期接受辐射照射，比如儿童时期颈部受到过X射线、放射性碘等辐射暴露，会增加患甲状腺疾病的风险。有研究表明，儿童时期颈部辐射暴露后，10 - 30年后患甲状腺癌的风险明显升高，每1000人当中可能会增加1 - 2例甲状腺癌患者。碘摄入异常： 碘摄入过多或过少都可能引发甲状腺问题。碘摄入过多可能导致甲状腺功能亢进等疾病，像一些沿海地区如果长期食用含碘量高的食物，部分人就可能出现碘致甲状腺功能亢进；而碘摄入过少则可能引起甲状腺肿，在一些碘缺乏地区，甲状腺肿的发生率能达到10%以上。