卵巢囊肿的成因较为复杂，可能与以下因素有关。
1.内分泌因素：
卵巢是分泌激素的重要器官，卵巢囊肿的发生可能与内分泌失调有关。
长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大等因素，可能会造成体质过度酸化，人体整体的机能下降，引起肾虚，肝肾同源，肾卵巢囊肿病理虚肝亦虚，进而引起下焦代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，从而发展为卵巢组织异常增生，终致卵巢囊肿。
2.遗传因素：
据统计，20%～25%的卵巢囊肿患者有家族史。
3.生活方式：
长期的饮食结构不合理、生活习惯不好、心理压力过大，可以出现生理性卵巢囊肿和卵巢真性肿物。
4.环境因素：
食物的污染，如蔬菜等使用的植物生长激素，如家畜家禽等配方饲养中瘦肉精类的激素成分。近年来我国随着生活水平的提高及饮食习惯的变化，及一部分中青年女性滥用诸如丰乳、减肥、及减缓衰老等的激素类药物及滋补品，使卵巢肿瘤呈高发性、年轻化发展趋势也有可能有关。
5.炎症因素：
女性的输卵管发生炎症时，常会累及卵巢，从而引起卵巢周围炎，最终形成炎性积液、积脓，进而发展成为卵巢囊肿。