眼睛结石最好的治疗方法因人而异，主要包括以下几种：
1.眼部清洁：这是一种较为常用的治疗方法。患者可以用生理盐水或抗生素眼药水冲洗结膜囊，以清除结膜囊内的分泌物、坏死组织和细菌。这种方法可以缓解眼部不适，但并不能去除结石。
2.剔除结石：如果结石突出于结膜表面，患者可以在表面麻醉下，由专业医生用消毒针头或尖刀剔除结石。剔除结石后，患者可能会有轻微的疼痛和异物感，一般数小时后即可缓解。
3.抗感染治疗：如果结石剔除后，患者出现眼部炎症，可以使用抗生素眼药水或眼膏进行抗感染治疗。
4.其他治疗方法：对于一些特殊情况，如结石合并慢性结膜炎或沙眼等疾病，可能需要进一步治疗原发病。此外，还可以采用物理治疗、中医治疗等方法。
需要注意的是，眼睛结石剔除术后，患者应避免用眼过度，保持眼部清洁，避免感染。如果剔除结石后眼部症状持续不缓解或加重，应及时就医复诊。